Mimo że przepisy dotyczące samofakturowania nie zostały zasadniczo zmienione, wprowadzenie obowiązkowego Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) ujawniło nowe problemy praktyczne. Szczególne kontrowersje budzi podejście organów podatkowych do sposobu zatwierdzania faktur wystawianych przez nabywcę w imieniu sprzedawcy.

Sprawa dotyczy interpretacji wydanej przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej 27 lutego 2026 r. Spółka korzystająca z procedury samofakturowania wystawiała faktury w imieniu swoich podwykonawców i chciała, aby akceptacja tych dokumentów mogła następować już po przesłaniu ich do KSeF. Alternatywnie planowała przekazywać kontrahentom projekty faktur w formacie PDF przed wysłaniem ich do systemu.

Organ podatkowy uznał jednak, że takie rozwiązania są niezgodne z przepisami. Według fiskusa faktura powinna zostać zaakceptowana przez sprzedawcę jeszcze przed jej wprowadzeniem do obrotu prawnego, czyli przed przesłaniem do KSeF. Dodatkowo akceptacji powinien podlegać plik XML zawierający treść faktury, a nie jej wersja w formacie PDF. Niespełnienie tych warunków może skutkować utratą prawa do odliczenia podatku VAT.

Eksperci zwracają uwagę, że ustawa o VAT nie określa szczegółowo sposobu zatwierdzania faktur w ramach samofakturowania. Przepisy wymagają jedynie zawarcia odpowiedniej umowy między stronami oraz ustalenia procedury akceptacji dokumentów. Nie wskazują natomiast ani formatu faktury podlegającej akceptacji, ani momentu jej zatwierdzenia. Dlatego wielu specjalistów uważa stanowisko organów podatkowych za zbyt rygorystyczne.

Zdaniem doradców podatkowych i prawników nowe wymagania mogą powodować trudności organizacyjne dla przedsiębiorców, szczególnie dużych firm korzystających z samofakturowania na szeroką skalę. Wątpliwości budzi zwłaszcza konieczność akceptowania technicznego pliku XML, który jest mniej czytelny niż dokument PDF.

Jednocześnie eksperci podkreślają, że samofakturowanie nadal wymaga spełnienia podstawowych warunków ustawowych, takich jak zawarcie odpowiedniej umowy oraz umieszczenie na fakturze oznaczenia „samofakturowanie”. W połączeniu z KSeF procedura ta może jednak przynieść korzyści, m.in. większą przejrzystość dokumentów, łatwiejszą kontrolę rozliczeń oraz uproszczenie procesów administracyjnych.