Przez długi czas wielu przedsiębiorców korzystających ze zwolnienia z VAT zakładało, że skoro nie wystawiają faktur, lecz rachunki, obowiązkowy KSeF ich nie obejmie. Najnowsza interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej pokazuje jednak, że fiskus patrzy na tę kwestię zupełnie inaczej.

Jeżeli stanowisko organów podatkowych się utrwali, część przedsiębiorców zwolnionych z VAT będzie musiała zmienić sposób dokumentowania sprzedaży.

O co chodziło w sprawie?

Wniosek o interpretację złożyła przedsiębiorczyni korzystająca ze zwolnienia podmiotowego z VAT. Świadczy usługi najmu i od lat dokumentuje je rachunkami wystawianymi na podstawie art. 87 Ordynacji podatkowej.

W związku z obowiązkowym KSeF chciała potwierdzić, że po 1 kwietnia 2026 r. nadal będzie mogła wystawiać rachunki zamiast faktur ustrukturyzowanych.

Jej stanowisko wydawało się logiczne. Skoro art. 106b ust. 2 ustawy o VAT zwalnia podatników korzystających ze zwolnienia z VAT z obowiązku wystawiania faktur, to uznała, że nic się dla niej nie zmieni. Wyjątek stanowi jedynie sytuacja, gdy nabywca zażąda faktury w terminie 3 miesięcy od końca miesiąca, w którym wykonano usługę lub dokonano dostawy.

W pozostałych przypadkach uważała, że może nadal posługiwać się rachunkami.

Fiskus nie zgodził się z takim podejściem

Dyrektor KIS uznał stanowisko podatniczki za nieprawidłowe.

Najważniejszy argument organu był następujący: rachunek i faktura to dwa różne dokumenty regulowane przez dwa różne akty prawne.

Rachunki wynikają z Ordynacji podatkowej, natomiast zasady dokumentowania sprzedaży podlegającej VAT określa ustawa o VAT. Zdaniem organu, jeżeli dana czynność mieści się w zakresie ustawy o VAT, pierwszeństwo mają przepisy tej ustawy.

Oznacza to, że nawet przedsiębiorca korzystający ze zwolnienia z VAT podlega regulacjom ustawy o VAT dotyczącym dokumentowania sprzedaży.

Brak obowiązku wystawienia faktury nie oznacza prawa do wystawienia rachunku

To właśnie ten fragment interpretacji może okazać się najbardziej zaskakujący.

Dyrektor KIS wskazał, że ustawa o VAT rzeczywiście przewiduje sytuacje, w których podatnik zwolniony nie ma obowiązku wystawienia faktury. Dotyczy to między innymi sprzedaży objętej zwolnieniem podmiotowym.

Jednak gdy nabywca zażąda wystawienia dokumentu w ustawowym terminie, przedsiębiorca powinien wystawić fakturę.

Co więcej, organ poszedł o krok dalej. Uznał, że nawet jeżeli przepisy nie nakładają obowiązku wystawienia faktury, ale przedsiębiorca dobrowolnie chce udokumentować sprzedaż, właściwym dokumentem również będzie faktura, a nie rachunek.

To właśnie ten element interpretacji wywołuje największe konsekwencje praktyczne.

Dlaczego ma to znaczenie dla KSeF?

Obowiązek korzystania z KSeF dotyczy faktur ustrukturyzowanych.

Jeżeli więc – zgodnie ze stanowiskiem Dyrektora KIS – dokumentem właściwym dla podatnika zwolnionego z VAT jest faktura, a nie rachunek, to po objęciu go obowiązkowym KSeF faktury te powinny być wystawiane właśnie za pośrednictwem tego systemu.

Innymi słowy, organ nie analizował wyłącznie tego, czy podatnik ma obowiązek wystawić fakturę. Najpierw odpowiedział na pytanie, jaki dokument jest właściwy do udokumentowania sprzedaży. Skoro uznał, że jest nim faktura, konsekwencją jest objęcie takiej sprzedaży zasadami dotyczącymi KSeF.

To problem nie tylko dla wynajmujących

Interpretacja dotyczyła usług najmu, ale jej znaczenie może być znacznie szersze.

Z podobnym problemem mogą spotkać się również przedsiębiorcy korzystający ze zwolnienia z VAT, którzy do tej pory wystawiali rachunki, m.in.:

• lekarze,
• psychologowie,
• fizjoterapeuci,
• korepetytorzy,
• szkoleniowcy,
• kosmetolodzy,
• fryzjerzy,
• informatycy,
• graficy,
• tłumacze,
• inni przedsiębiorcy korzystający ze zwolnienia podmiotowego z VAT.

Czy to oznacza, że rachunki całkowicie znikną?

Nie można wyciągać tak daleko idącego wniosku wyłącznie na podstawie jednej interpretacji indywidualnej.

Interpretacja chroni wyłącznie podatniczkę, która o nią wystąpiła. Nie stanowi źródła prawa i nie zmienia przepisów.

Pokazuje jednak bardzo wyraźnie sposób myślenia organów podatkowych. Jeżeli takie stanowisko będzie powtarzane w kolejnych interpretacjach lub zostanie potwierdzone przez sądy administracyjne, przedsiębiorcy korzystający ze zwolnienia z VAT mogą zostać zmuszeni do odejścia od wystawiania rachunków na rzecz faktur.

Podsumowanie

Do tej pory wielu przedsiębiorców uważało, że skoro korzystają ze zwolnienia z VAT i wystawiają wyłącznie rachunki, obowiązkowy KSeF ich nie dotyczy.

Najnowsza interpretacja Dyrektora KIS pokazuje jednak, że fiskus prezentuje odmienne stanowisko. W jego ocenie podatnik zwolniony z VAT, który dokumentuje sprzedaż, powinien posługiwać się fakturą, a nie rachunkiem. Jeżeli więc dokumentem właściwym jest faktura, po objęciu podatnika obowiązkowym KSeF będzie ona zasadniczo wystawiana właśnie za pośrednictwem tego systemu.

Na razie jest to stanowisko zaprezentowane w interpretacji indywidualnej, ale warto je uwzględnić przy przygotowaniach do obowiązkowego KSeF. Dla wielu przedsiębiorców korzystających ze zwolnienia z VAT może ono oznaczać konieczność zmiany dotychczasowego sposobu dokumentowania sprzedaży.

Podstawa: interpretacja indywidualna Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 26 marca 2026 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.59.2026.1.KK.