Przy ponownym przesłaniu do KSeF starych faktur nie zawsze trzeba korygować je „do zera”. Najważniejsze jest to, aby można było jednoznacznie stwierdzić, że dokument znajdujący się w KSeF i faktura wystawiona poza systemem są tym samym dokumentem, wyjaśnia Ministerstwo Finansów. Eksperci zwracają jednak uwagę, że bardziej restrykcyjne stanowisko prezentuje skarbówka w interpretacjach indywidualnych. Korekta pozwala uniknąć ryzyka podwójnego fakturowania.

Na początku obowiązywania obligatoryjnego Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) wielu podatników zgłaszało problemy związane z przesyłaniem do KSeF starych faktur, wystawionych jeszcze przed wejściem w życie obowiązku korzystania z systemu. Problem pojawiał się podczas integracji firmowych systemów finansowo-księgowych z KSeF. W takiej sytuacji znalazł się m.in. jeden z Czytelników Prawo.pl, który nie miał pewności, jak postąpić.

„Dokonałem w marcu integracji programu fakturowego z KSeF. W wyniku tego program automatycznie przesłał do KSeF faktury wystawione na początku roku, które wcześniej zostały wystawione w formie papierowej, przekazane klientom i już rozliczone. Obecnie klienci zgłaszają mi, że faktury, które spłynęły z KSeF, są już rozliczone. Jak należy postąpić w przypadku faktur, które zostały przesłane do KSeF omyłkowo? Z informacji uzyskanych na infolinii wynika, że mam zignorować faktury przesłane do KSeF i przekazać klientom, żeby również je zignorowali. Czy takie postępowanie jest prawidłowe?” pyta Czytelnik.

MF: Nie zawsze jest obowiązek korygowania „do zera”

Ministerstwo Finansów odniosło się do tej sytuacji w lipcu. Według MF podatnicy, którzy w okresie fakultatywnym wystawiali faktury poza KSeF i wydawali je nabywcom również poza systemem, po wejściu obowiązkowego KSeF nie powinni dosyłać do systemu takich dokumentów. KSeF służy do wystawiania faktur, a nie do raportowania wcześniej wystawionych i wprowadzonych do obrotu prawnego faktur.

Jeżeli jednak podatnik:

wystawił fakturę poza KSeF i wprowadził ją do obrotu prawnego poza systemem, a następnie

po określonym czasie przesłał ją do KSeF, np. w wyniku błędu integracji, a przesłany do KSeF plik XML odpowiadał treści faktury, która wcześniej weszła do obrotu prawnego poza systemem, w szczególności w zakresie daty wystawienia w polu P_1, kolejnego numeru faktury nadanego przez podatnika w polu P_2, daty dostawy lub wykonania usługi w polu P_6, pozycji faktury w części FaWiersz oraz kwoty należności ogółem w polu P_15,

to mimo nieprawidłowego postępowania nie wystąpi obowiązek jej korekty „do zera”. Można bowiem jednoznacznie stwierdzić, że dokument znajdujący się w KSeF i dokument wystawiony poza systemem są w rzeczywistości tą samą fakturą.

Jeżeli jednak treść przesłanego do KSeF pliku XML różni się od treści wcześniej wystawionej poza systemem faktury, w szczególności w zakresie wskazanych wyżej elementów, plik XML może zostać uznany przez organ podatkowy za kolejną wystawioną fakturę. W konsekwencji może mieć zastosowanie art. 108 ustawy o VAT, co oznacza obowiązek zapłaty VAT wykazanego na takiej fakturze. W takiej sytuacji zasadne byłoby skorygowanie faktur przesłanych omyłkowo do KSeF „do zera”, wyjaśnia Ministerstwo Finansów.

Lepiej unikać ryzyka podwójnego fakturowania

Jak wyjaśnia Janina Fornalik, doradca podatkowy i partner w MDDP, nie jest prawidłową praktyką przesyłanie do KSeF faktur, które zostały wcześniej wystawione poza systemem i wysłane do kontrahentów, również w okresie, gdy firma powinna już wystawiać faktury w KSeF. Takie sytuacje zdarzały się bardzo często w pierwszych miesiącach funkcjonowania obowiązkowego KSeF. Rodzi to problemy praktyczne dla odbiorców, którzy muszą dodatkowo sprawdzać, czy nie zaksięgują tej samej faktury dwukrotnie. Faktura wystawiona poza systemem jest pełnoprawną fakturą, która uprawnia do odliczenia VAT i zaliczenia wydatku do kosztów podatkowych.

„Stanowisko MF jest korzystne dla podatników. Wynika z niego, że nie trzeba korygować faktur przesłanych do KSeF, jeśli w pełni odpowiadają one fakturom wystawionym wcześniej. Bardziej restrykcyjne stanowisko prezentuje Dyrektor KIS w interpretacjach podatkowych, ponieważ nakazuje korektę takich faktur do zera, np. w interpretacji z 1 lipca 2026 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP” mówi Janina Fornalik.

„Moim zdaniem organy podatkowe nie powinny nakładać sankcji za ewentualne nieprawidłowości związane z korzystaniem z KSeF w początkowym okresie jego funkcjonowania, gdy firmy wdrażają zmiany w systemach i procesach wewnętrznych, gdyż potencjalne błędy są nieuniknione w tak dużym przedsięwzięciu. Zresztą taki był zamysł ustawodawcy, który wprowadził odroczenie kar za niewystawianie faktur w KSeF w 2026 r. Jeśli jednak dane na fakturze przesłanej do KSeF różnią się od faktury wystawionej wcześniej poza systemem, z ostrożności rekomendowałabym wystawienie faktur korygujących, aby uniknąć ryzyka podwójnego fakturowania i podwójnej zapłaty VAT. Organy mają pięć lat na weryfikację rozliczeń podatkowych i za kilka lat argument o błędach technicznych przy wdrożeniu KSeF w firmie może już nie być skuteczny” dodaje doradczyni podatkowa.

Jak zaznacza Rafał Styczyński, doradca podatkowy, odpowiedź Ministerstwa Finansów jest dla podatników korzystna. Wynika z niej, że omyłkowe przesłanie do KSeF faktury, która została wcześniej prawidłowo wystawiona i przekazana nabywcy poza systemem, nie musi prowadzić do obowiązku zapłaty VAT po raz drugi. Warunkiem jest jednak pełna zgodność obu dokumentów, pozwalająca jednoznacznie stwierdzić, że dotyczą tej samej transakcji.

Jeżeli natomiast plik XML różni się od pierwotnej faktury w zakresie istotnych danych, takich jak numer, data, pozycje czy kwota należności, dokument przesłany do KSeF może zostać uznany za kolejną fakturę. Wówczas pojawia się ryzyko zastosowania art. 108 ust. 1 ustawy o VAT i obowiązku zapłaty podatku wykazanego na tym dokumencie.

Stanowisko MF jest jednak sprzeczne z interpretacją Dyrektora KIS z 23 czerwca 2026 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP. Dotyczyła ona faktur wcześniej wystawionych, przekazanych kontrahentom i prawidłowo rozliczonych, które wskutek błędu technicznego zostały ponownie przesłane do KSeF. Mimo że organ wskazał, iż były to te same faktury, uznał, że należy je skorygować „do zera” z uwagi na ryzyko wynikające z art. 108 ustawy o VAT.

„Odpowiedź MF ogranicza więc ryzyko podwójnego VAT, ale nie usuwa niepewności związanej z odmiennym stanowiskiem Dyrektora KIS. Dopóki kwestia ta nie zostanie jednoznacznie rozstrzygnięta, podatnicy powinni szczególnie kontrolować, czy faktury wystawione wcześniej poza KSeF nie są ponownie przesyłane do systemu” mówi Rafał Styczyński.

Korekta konieczna, by usunąć faktury z obrotu

Również Marcin Szymankiewicz, doradca podatkowy, zwraca uwagę na interpretację Dyrektora KIS z 23 czerwca 2026 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.298.2026.1.KP. Chodziło o sytuację przedsiębiorcy, u którego obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych powstał 1 kwietnia 2026 r. W wyniku testu integracji systemowej 2 marca 2026 r. doszło do niezamierzonego i omyłkowego masowego przesłania do KSeF faktur sprzedaży wystawionych wcześniej, w lutym 2026 r. Faktury te zostały wcześniej wystawione i doręczone kontrahentom poza KSeF jako faktury elektroniczne, np. w formacie PDF, w dniu realizacji wysyłki zamówień. Funkcjonowały w obrocie gospodarczym przed ich zapisaniem w KSeF. Zostały ujęte w JPK_VAT oraz rozliczone. Powstała wątpliwość, czy omyłkowe wprowadzenie do KSeF faktury wcześniej wystawionej prawidłowo poza systemem należy skorygować poprzez wystawienie faktury korygującej.

„Zgodnie ze stanowiskiem organów podatkowych faktury wysłane do KSeF zostały błędnie wprowadzone do obrotu prawnego, gdyż dokumentują zdarzenia gospodarcze, które były już udokumentowane fakturami wysłanymi w sposób elektroniczny. Jedynym sposobem na wyeliminowanie ich z obrotu prawnego jest więc wystawienie faktur korygujących. Faktury korygujące powinny być w tym przypadku wystawione „do zera”, gdyż zostały omyłkowo wprowadzone do KSeF, w którym nie powinny się znaleźć” wyjaśnia Szymankiewicz.