W VAT obowiązuje zasada, że podatek wykazany na wystawionej fakturze zawsze musi być zapłacony. Zgodnie z art. 103 ust. 1 ustawy o VAT podmioty wymienione w art. 108 są obowiązane, bez wezwania naczelnika urzędu skarbowego, do obliczania i wpłacania podatku do 25 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym powstał obowiązek podatkowy, na rachunek urzędu skarbowego. W tym przypadku obowiązek podatkowy powstaje w dniu wystawienia faktury. Powstaje pytanie, czy podatnik powinien wpłacić kwotę VAT bezpośrednio na rachunek bankowy, czy rozliczyć ją w JPK_V7.

W orzecznictwie przyjęło się, że obowiązuje tu pozadeklaracyjny system rozliczenia.

Pusta faktura nie powinna być uwzględniona w deklaracji VAT. Podatek wynikający z takiej faktury powinien być bezpośrednio wpłacony do urzędu skarbowego. Nie podlega on obniżeniu o podatek naliczony z faktur zakupowych (zob. wyrok NSA z 30 stycznia 2009 r., sygn. akt I FSK 1658/07, oraz wyrok WSA w Warszawie z 17 grudnia 2020 r., sygn. akt III SA/Wa 255/20).

Przy czym w praktyce podatnicy wykazują omyłkowo wystawione puste faktury w JPK_V7. Urzędy skarbowe tolerują taką praktykę, gdyż w takim przypadku podatnicy na bieżąco rozliczają faktury korygujące. Przykładowo za styczeń podatnik wykazał omyłkowo wystawioną fakturę, a w marcu korektę „in minus”. W takim przypadku pracownicy urzędów skarbowych uznają, że wyeliminowano nieprawidłowość i nie domagają się „wyrzucenia faktury pierwotnej” z deklaracji za styczeń.