Sprzedawca, niezależnie od tego, jaki sposób rozliczeń przyjął, nie powinien czekać z korektą. Powinien jak najszybciej wystawić fakturę korygującą. Korekta powinna zostać przeprowadzona w odpowiednim czasie, aby mogła być skuteczna. Zdaniem sądu jeżeli nabywca skorzystał z prawa do odliczenia, korekta będzie spóźniona (tak np. WSA w Olsztynie w wyroku z 18 sierpnia 2021 r., sygn. akt I SA/Ol 451/21). Generalnie wystawca faktury powinien wyeliminować w stosownym czasie ryzyko odliczenia VAT naliczonego przez nabywcę. Nie może to nastąpić przykładowo po ujawnieniu ich fikcyjności przez organy podatkowe i po zakończeniu kontroli podatkowej.

Jeżeli rozliczyliśmy pustą fakturę w JPK_V7, korekty dokonuje się na bieżąco, przez co podatnik unika konieczności składania wniosku o stwierdzenie nadpłaty. Gdy wpłaciliśmy VAT bezpośrednio do US, taki wniosek o stwierdzenie nadpłaty jest konieczny.

Przykład
Spółka wystawiła za listopad fakturę za najem, mimo że umowa została rozwiązana z końcem października. W styczniu została wystawiona korekta w związku z informacją od byłego najemcy. Spółka rozliczyła fakturę w JPK_V7 za listopad. Dlatego w deklaracji za styczeń może rozliczyć korektę zmniejszającą.

Dopuszczalne jest także anulowanie pustej faktury. Przy czym anulowanie faktur może dotyczyć wyłącznie tych dokumentów, które nie zostały wprowadzone przez podatnika do obrotu prawnego, czyli nie zostały doręczone. Dlatego faktura elektroniczna wysłana do nabywcy nie może być anulowana.

Przykład
Spółka wystawiła za listopad fakturę za najem, mimo że umowa została rozwiązana z końcem października. Spółka rozliczyła fakturę w JPK_V7 za listopad. Po wysłaniu JPK_V7 za listopad wróciła nieodebrana przesyłka z fakturą. Po uzgodnieniu z najemcą przyczyn spółka anulowała fakturę. Aby zmniejszyć VAT z niepotrzebnie wystawionej faktury musi skorygować JPK_V7 za listopad. Gdy w wyniku tej korekty zmniejszy się kwota do wpłaty, powinna wystąpić z wnioskiem o stwierdzenie nadpłaty.

Anulowanie faktur powinno odbywać się poprzez ich przekreślenie lub opatrzenie odpowiednią adnotacją o przyczynie i okolicznościach anulowania. Pozostawiamy je w dokumentacji podatkowej, bez konieczności wprowadzania ich do ewidencji i wykazywania wynikających z nich kwot w JPK_V7 (pismo Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 18 marca 2019 r., sygn. 0112-KDIL1-3.4012.30.2019.1.AK).

Jeśli podatnik nie wprowadził w ogóle do obrotu faktur (bo do transakcji nie doszło), a omyłkowo wykazał podatek należny w JPK_V7, to nie sporządza się korekt takich faktur, tylko je anuluje. Podatnik sporządza wtedy korektę deklaracji, w której wykazał pierwotnie fakturę (pismo Dyrektora Izby Skarbowej w Bydgoszczy z 12 listopada 2008 r., sygn. IPPP1-443-1556/08-4/JB). Gdy w wyniku tego zmniejszy się kwota do wpłaty, występuje o nadpłatę.